ということで

一度iTunes管理下のファイルに対して、SIフィールドを元にしたID3tagも付ける様にしたら、
両方うまく行けるのではないだろうか？
もしくは、得体の知れないエンコードのID3tagが、ShiftJISベースに書き換わるので、今度は
iTunes上のほうが化ける事も考えられる。
ということで、この後の解決に向けた実験はまた気が向いたら。