MBRの違いについて

結局２番目の区画のサイズだけがHDDの総サイズに合わせていて違うという訳です。SSDなどにそっくり入れたい場合には、フルサイズのセクタ数をチェックしておいて、そこだけ値を書き換えれば良いでしょう。

また、mbrwtwin.exeは、先頭から次の区画へ飛ぶようにした、ジャンプするだけのブートローダーで、次の区画を起動可能にしているだけなのではないだろうか？とも考えられます。そしてある条件で起動すると先頭区画が出て来ると。